من بين الآثار الجانبية التي تواجه الكثيرين ممن خاضوا تجربة زراعة الشعر أعراض الألم الشديد والحكة بالمناطق المانحة، كذلك قد يعاني الشخص تحجر فروة الرأس سواء بالمناطق المانحة أو المستهدفة، وقد يمتد ألم المنطقة المانحة حوالي شهر كامل بعد عملية زراعة الشعر، حيث تبدأ حدته في الانخفاض تدريجيا بعد أسبوعين، ويتم التعامل معه غالبا بواسطة